Al igual que muchas de las grandes ciudades, Izamal fue abandonada después de la destrucción de la
liga del Mayapán hacia el siglo XII. Por lo cual, a la llegada de los españoles el lugar estaba prácticamente vacío. Sin embargo, era un importante centro de peregrinación donde se veneraba al
Zamná el sacerdote patriarca del los Itzáes. Por lo que los españoles se vieron motivados a construir sobre uno de sus templos, un gran convento franciscano, utilizando materiales de una de sus cinco pirámides.